Atalarınızın nereden geldiğini bilmek daha iyi kanser tedavilerinin anahtarı olabilir mi? Belki, ama bu anahtar nereye uyacak? Kanserin atalarımızdan gelen köklerini günümüz çözümlerine kadar nasıl izleyebiliriz? Cold Spring Harbor Laboratuvarı (CSHL) Araştırma Profesörü Alexander Krasnitz’e göre cevaplar, yüz binlerce tümör örneği içeren geniş veri tabanlarının ve hastane arşivlerinin derinliklerinde yatıyor olabilir. Krasnitz ve CSHL Doktora Sonrası Araştırmacısı Pascal Belleau, kanser ile ırk veya etnik köken arasındaki soyağacı bağlantılarını ortaya çıkarmak için çalışıyorlar. Tümör DNA’sı ve RNA’sından kıta soyunu doğru bir şekilde çıkaran yeni bir yazılım geliştirdiler. Çalışmaları, klinisyenlerin erken kanser tespiti ve kişiselleştirilmiş tedaviler için yeni stratejiler geliştirmelerine de yardımcı olabilir.
Krasnitz’in ekibi yazılım araçlarını hibrit DNA profilleri kullanarak eğitti. Bu profilleri, bilinen bir geçmişe sahip kanserli ve kansersiz genomlardan oluşturdular. Daha sonra yazılımın performansını, soyu bilinen hastalardan alınan pankreas, yumurtalık, meme ve kan kanseri örneklerine karşı test ettiler. Ekip, yazılımın hibrit profillerini kıta popülasyonlarıyla %95’in üzerinde doğrulukla eşleştirdiğini tespit etti. Krasnitz, “Elimizde üzerine inşa edebileceğimiz iyi bir model var,” diyor. “Ancak çok az birey tek bir atadan geliyor. Hepimiz bir dereceye kadar karışmış durumdayız. Şimdi daha derine bakmak, soyu bilinmeyen tümör örneklerini test etmek, atasal karışımları ortaya çıkarmak ve daha fazla bölgesel özgüllük elde etmek için çalışıyoruz.” Ne kadar spesifik? Şimdilik Doğu Afrika yerine Batı Afrika’yı düşünün.
Krasnitz ve Belleau kısa süre önce Northwell Health ve SUNY Downstate Tıp Merkezi ile işbirliği içinde bir kolorektal kanser çalışmasına katıldı. Çalışma, kolorektal kanserin belirli ırklara veya etnik kökenlere bağlı olarak genleri nasıl farklı şekillerde mutasyona uğrattığını keşfetmelerine olanak tanıyor. Araştırmacılar, yazılımlarını daha da geliştirerek yalnızca tüm genomların değil, aynı zamanda her bir dizinin soyunu da ortaya çıkarmayı umuyor. Belleau, “Farklı kanserlere veya diğer agresif hastalıklara yatkın olan daha lokalize soyları belirleyebilirsek, genomun sorumlu belirli bölümünü tespit etmemize ve tedavi için hedeflememize yardımcı olabilir” diyor. Şu anda basit bir DNA çubuğu size nereden geldiğinizi ve hangi hastalıkları miras alabileceğinizi söyleyebilir. Gelecekte, bu hastalıkları yenmenizi de sağlayabilir.